中国の科学研究チーム、稲の完全なリファレンスゲノムを発表

稲は重要な食用作物で、そのゲノムアセンブリは稲の育種にとって重要な意義がある。中国農業科学院深圳農業ゲノム研究所が23日に明らかにしたところによると、同研究所は海南省崖州湾実験室、中国水稲研究所、中国農業科学院作物科学研究所、揚州大学などの複数の機関と共同で稲の完全なリファレンスゲノムを発表した。全ゲノム全染色体のテロメアからテロメアへのギャップフリーアセンブリを実現し、稲育種研究に新たな有力ツールと重要なビッグデータの基礎を提供している。これに関連する研究成果はこのほど学術誌「分子植物」（Molecular Plant）に掲載された。科技日報が伝えた。

稲品種「日本晴」のドラフトゲノムが2005年に発表され、稲の研究が正式にゲノミクス時代に入った。

その後、「日本晴」リファレンスゲノムは2013年にさらに更新され、ゲノムアセンブリの結果及びゲノムアノテーションが大幅に改善され、稲の標準リファレンスゲノムとなり、現在まで使用されている。しかし、当時のシーケンシング及びアセンブリ技術の制限により、同ゲノムは複雑構造エリアのアセンブリで全長3％前後のギャップが存在する。これらのギャップは稲育種の研究の妨げになった。

論文の連絡著者で、中国農業科学院深圳農業ゲノム研究所研究員の商連光氏は、「そのため、研究チームは『日本晴』を材料とし、新世代シーケンシング技術を総合的に利用し、『日本晴』リファレンスゲノムの完全なアセンブリを行った。そのサイズは385.7百万塩基対で、すべての染色体のテロメアからテロメアまでが1本の完全で連続的な配列によって組み立てられ、塩基の精度は99.9999%以上。最新のアセンブリにより追加された12.5百万塩基対のゲノム配列は、主に稲ゲノムの構造が最も複雑なリボソームDNA配列、セントロメア部位、複合トランスポゾン配列、テロメア部位などのロックを解除し、ギャップによる複数の遺伝構造ミスを修正し、1324のタンパク質コーディングゲノムアノテーションを追加した。同研究は稲育種研究の重要な理論的基礎を固めた」と説明した。（編集YF）

「人民網日本語版」2023年8月24日